El diagnóstico de esclerosis múltiple se realiza primordialmente a través de datos clínicos. Se define como una enfermedad clínica cuando el paciente ha sufrido dos ataque neurológicos en el sistema nervioso central produciendo dos lesiones en áreas separadas. Una vez detectado el problema hay que descartar enfermedades que pueden provocar lesiones parecidas como inflamaciones vasculares, infecciones, tumores, inflamaciones granulomatosas.
Para confirmación de esta enfermedad se utiliza la resonancia magnética que aparte de confirmar las lesiones en el sistema nervioso, también sirve para eliminar otras afecciones, principalmente malformaciones y tumores malignos de la fosa posterior y médula. Para visualizar con más claridad el origen de la lesión, se utiliza Tomografía Axial Computerizada (TAC o Scanner).

La punción lumbar se puede aplicar en el diagnóstico para buscar indicios extrayendo el líquido cefalorraquídeo y analizándolo.
El último examen clínico para eliminar diagnósticos erróneos es el análisis de sangre.

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